Ο οικότοπος της λιμνοθάλασσας Κοτυχίου περιλαμβάνεται στους 11 προστατευόμενους υγροβιότοπους της χώρας, έχοντας ενταχτεί στη σύμβαση Ραμσάρ και στο δίκτυο Natura 2000. Παρά ταύτα από 12 χιλιάδες τετραγωνικά χιλιόμετρα που ήταν, σήμερα έχει μειωθεί σε 4 χιλιάδες km2 δηλαδή έχει